Η Ειδική Υπηρεσία Διαχείρισης των Επιχειρησιακών Προγραμμάτων του Στόχου «Ευρωπαϊκή Εδαφική Συνεργασία» –με έδρα τη Θεσσαλονίκη- διαχειρίζεται και παρακολουθεί Προγράμματα Ευρωπαϊκής Εδαφικής Συνεργασίας (Interreg). Τα Προγράμματα αυτά έχουν ως στόχο να αντιμετωπίσουν κοινές διασυνοριακές και διακρατικές προκλήσεις, να στηρίξουν συνέργιες μέσω κοινών εταιρικών σχημάτων και να εδραιώσουν δυνατές συνεργασίες με γνώμονα την ισορροπημένη οικονομική, κοινωνική και χωρική ανάπτυξη σε ευρωπαϊκό επίπεδο.